Makmal Bestari mengandungi 22 buah komputer yang dirangkaikan dengan LAN Sekolah. Komputer ini digunakan oleh pelajar untuk menyiapkan tugasan yang dihantar oleh guru dalam talian. Pelajar juga boleh melayari internet di sini. Guru dapat menyemak tugasan yang dibuat oleh pelajar.
Makmal KDP adalah makmal yang digunakan untuk tujuan pembelajaran Komputer dalam pendidikan. Makmal ini mengandungi 20 buah komputer dan 1 server
Internet (SchoolNet)
Capaian internet di sekolah ini adalah 24 jam. Terdapat 3 '
access point ' yang dibekalkan yang membolehkan guru dan pelajar menggunakan perkhidmatan internet 'wireless' di dalam kawasan sekolah
Pusat Akses Sekolah
Sebanyak 10 buah komputer dan sebuah printer diletakkan di dalam Pusat Akses Sekolah ini untuk kegunaan pelajar dan guru. Objektif Pusat Akses Sekolah adalah untuk meningkatkan "contact hour' pelajar dalam penggunaan komputer di sekolah.
Rangkaian (LAN)
Sebagai salah sebuah sekolah bestari, SMK Agama Segamat telah dilengkapi 3 buah server dengan rangkaian komputer yang meliputi Makmal Komputer, Pusat Akses, Perpustakaan, Bilik Media, Bilik Peperiksaan, Pejabat, Bilik Guru, Bilik Penolong Kanan, Bilik Pengetua, Bilik Server, Bilik Mesyuarat dan Asrama. Semua guru, kakitangan sokongan dan pelajar mempunyai username dan password untuk menggunakan kemudahan komputer di sekolah ini. Tempat-tempat ini juga mendapat capaian internet.
Bas dan Van
SMK Agama Segamat mempunyai sebuah bas dan sebuah van yang digunakan untuk membawa pelajar ke masjid, pertandingan, rombongan sekolah dan juga untuk pelajar pulang ke kampung yang ditentukan oleh pihak sekolah.
Asrama
SMK Agama Segamat mempunyai 2
Blok asrama lelaki dan 2 blok asrama perempuan yang boleh menempatkan
kira-kira 650 orang pelajar. Kemudahan dewan makan, bilik pelawat,
bilik bacaan, pejabat asrama serta bilik rehat disediakan di blok
asrama ini.
Kantin
Kantin SMK Agama Segamat disediakan
untuk guru dan pelajar membeli makanan semasa rehat persekolahan.
Dibuka setiap hari persekolahan jam 7.30 pagi hingga 6.00 petang.
Koperasi
Koperasi SMK Agama Segamat (KOSMAS) adalah sebuah koperasi sekolah yang pertama di negeri Johor menggunakan sistem pembayaran tanpa wang. Kad pelajar boleh digunakan untuk menambah wang ke dalam akaun dan untuk membeli barangan di koperasi. Data dari sistem sekolah digunakan untuk dan diintergrasikan ke dalam sistem komputer koperasi. Dengan cara ini pelajar tidak perlu membawa wang yang banyak ke sekolah